Trong Nội chiến Trung Quốc, Trung Hoa Dân Quốc mất quyền kiểm soát Trung Quốc đại lục, bao gồm hầu hết tỉnh Phúc Kiến, và phải di chuyển tới Đài Loan, còn lực lượng cộng sản chiến thắng đã thành lập Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa năm 1949. Trong trận Cổ Ninh Đầu, quân đội Trung Hoa Dân Quốc đã bảo vệ đảo Kim Môn khỏi cuộc tấn công từ đại lục. Với việc này, Trung Hoa Dân Quốc vẫn giữ được một số hòn đảo ngoài khơi Phúc Kiến, và tiếp tục duy trì một chính quyền tỉnh Phúc Kiến để quản lý các hòn đảo này, song song với tỉnh Phúc Kiến của Trung Quốc đại lục.

Năm 1956, chính phủ Trung Hoa Dân Quốc di chuyển chính quyền tỉnh về Tân Điếm, Đài Loan, và các hòn đảo được đặt dưới một chính quyền quân sự chặt chẽ vì có khoảng cách rất gần với Trung Quốc đại lục. Những năm 1990, với việc giảm nhiệt căng thẳng hai bờ eo biển và sự dân chủ hoá của Trung Hoa Dân Quốc, các hòn đảo này được tổ chức lại chính quyền dân sự năm 1992. Chính quyền tỉnh đã chuyển về Kim Môn, trên đất Phúc Kiến vào ngày 15/1/1996.[3]

Gần đây, chính quyền Trung Hoa Dân Quốc đã giảm bớt quyền lực của chính quyền cấp tỉnh, cụ thể là tỉnh Đài Loan và tỉnh Phúc Kiến. Hầu hết quyền hạn của tỉnh đã được giao cho chính quyền hai huyện Kim Môn và Liên Giang